Tu gdzie dziś leżą Mikołajki w najdawniejszych, staropruskich czasach istniała osada, której mieszkańcy trudnili się rybactwem, tkactwem, wyrębem i spławianiem drzew. Pierwsza notatka o Mikołajkach pojawiła się na kartach historii w 1444 roku. Wtedy to Wielki Mistrz Zakonu Krzyżackiego, Konrad von Erlichshausen, nadał nobilowi Wawrzyńcowi Prusowi ziemie położone obok wsi kościelnej Mikołajki. Jej nazwa pochodzi od Św. Mikołaja, patrona kaplicy usytuowanej na wzgórzu wiatracznym.

Św. Mikołaj był według legend opiekunem żeglarzy i przejść wodnych. Jego imię na stałe wpisało się w nazwę najpierw skromnej mazurskiej wsi, a od 1726 roku – miasta noszącego do dzisiaj miano Mikołajek. Nazwa wsi zmieniała się, ale stale w różnych wersjach zachowywała imię patrona (St. Nicolas, Nicolaus, Nicelsdorf, Niclausdorf, Nikolaiken).